我是否有权在自家工厂占地面积内建合法房？

大家好！　　我是一名企业主，我在前几年买下了一家村里倒闭的集体所有制工厂，和村里签定的购买合同：土地以承包方式，使用权是４０年。地上物归个人所有。因资金不足，在购买后一直没有重建，现因厂区实在太破，影响企业发展，故想在工厂范围内重建，现车间已建完，但再想从距马路那边建造办公楼时政府却不让建，原因是已有规划，除非从马路边向厂里推后５０米，如果这样车间就会碍事，因厂区有限，我就无法完成工厂的改造。在当今市场，追求不断发展软件的前提下，硬件的建设也固然非常重要，她代表着一个企业的实力和形象。问：我是否有权利在政府已规划的厂区内建设？如果不可以，在建设完后（非法建筑）会有什么后果（政府没有具体用地时间，只是长远规划。）。如果有天拆迁是否能得到赔偿？问：怎样才能合法建筑？问：是否还有其他方法吗？