商品房逾期交楼违约金问题

和开发商于2012年11月3日签订的商品房买卖合同，合同里的付款方式及期限是这样写的“2012年11月3日前支付首期房款220481元整，余款500000元整须在2012年11月13日内办理完毕银行按揭贷款申请手续”，合同里交付期限是2013年1月1日，出卖人逾期交房的违约责任“出卖人逾期将商品房交付买受人使用的，从逾期的第91日起，出卖人应根据买受人已付房款按照银行同期贷款利率计算向买受人支付违约金”，我方于2012年11月8日到填写了商业贷款申请表和公积金贷款申请表，并提交相关资料，但个人住房组合借款合同的签订日期是在2013年1月25日，银行在2013年4月23日才正式发放贷款，2013年9月28日，开发商发出收楼通知，但开发商告知违约金是从银行发放贷日期后第91天才开始计算，请问这样合理吗？“办理完毕银行按揭贷款申请手续”是指到哪个阶段？